Synopsis - La Seconde Guerre mondiale bat son plein. Le jeune Erik Lehnsherr (Ian McKellen), alors enfermé dans un camp de concentration, est brutalement séparé de ses parents. La colère qui le submerge lui permet de découvrir qu'il possède la capacité de contrôler les substances métalliques. Magnéto était né ! Durant soixante ans, sa haine envers l'humanité grondera en lui jusqu'à ce qu'il décide de la détruire. De son côté, le professeur Charles Xavier (Patrick Stewart) essaie d'intégrer les jeunes mutants par le biais de son école qui leur est entièrement dédiée. Lorsqu'il apprend les funestes projets de Magnéto, il décide de tenter par tous les moyens de sauver le monde, aidé du ténébreux Wolverine (Hugh Jackman), de Tornade et de Cyclope. Les deux clans de mutants sont prêts à se livrer un combat acharné...